马来西亚与其它东南亚国家一样，是一个多宗教并存的国家。马来西亚的国教是伊斯兰教，其它宗教还有佛教、印度教、基督教、原始宗教。联邦宪法明文规定伊斯兰教为联邦宗教。伊斯兰教在马来西亚是最主要和信徒最多的宗教。其他宗教有佛教、印度教、基督教、道教等。马来人、华人和印度人三大族群的宗教信仰明显具有民族特征：马来人都信仰伊斯兰教，华人大多信仰佛教和道教，印度人主要信仰印度教，土著原住民既有信仰原始宗教的，也有皈依伊斯兰教、基督教和天主教的。
1.伊斯兰教
从7世纪到17世纪，伊斯兰教在东南亚的扩张和传播延绵了1000年。作为东南亚信奉伊斯兰教的主体——马来人的重要国家，马来西亚宪法规定，所有的马来人都是穆斯林，在全国人口中，穆斯林占将近55％。伊斯兰教在马来西亚有很深的影响。马来人取阿拉伯名字，按伊斯兰教的训言生活。清真寺遍布马来西亚城乡，寺内每天都有信徒作祈祷。
伊斯兰教传入马来西亚相对较晚。学术界目前尚未有一致看法。有的学者认为，10世纪前后，一些阿拉伯和印度商人到马来半岛从事贸易活动，随之将伊斯兰教传入马来半岛。目前，较为确凿的证据是登嘉楼州曾出土了一块1303-1387年的石碑断片，证明14世纪伊斯兰教已经传入马来半岛。15世纪初，随着马六甲王国的建立，伊斯兰教得以在马来西亚乃至整个东南亚传播开来。实际上，马六甲王国最初并不信仰伊斯兰教。直到1414年，马六甲王国的首任国王拜里米苏拉因为与须文答刺一巴赛国苏丹的女儿结婚，而改信伊斯兰教。拜里米苏拉下令全国信仰伊斯兰教，并给自己起了一个伊斯兰教的名字——伊斯坎达·沙。到第四代国王穆扎法尔·沙当政时(1445～1456)，伊斯兰教成为马六甲的国教，并按照伊斯兰国家的叫法，将国王改称为“苏丹”。此后，穆扎法尔·沙大力兴建清真寺，并向周围地区扩展影响，直到1456年去世。穆扎法尔·沙的儿子曼苏尔继位后，于1474年征服逞罗、吉打和北大年，当地居民最终改信伊斯兰教；后来又占领彭亨，建立伊斯兰政权，并派其子担任第一任国王。伊斯兰教因此在马来半岛得到广泛传播和发展，并在以后的岁月中长盛不衰。整个15世纪成为马来半岛伊斯兰教史上的黄金时期。马六甲因此取代苏门答腊成为东南亚伊斯兰教传播的根据地。当时的马六甲城享有“小麦加”的美称。16世纪随着西方殖民者侵入，基督教逐渐传入马来半岛，但伊斯兰势力的影响并未因此受到削弱，并最终在马来西亚深入发展。
从伊斯兰教的信仰主体看，马来西亚宪法规定马来人必须信仰伊斯兰教。其他种族的人也有信仰伊斯兰教的，但人数不多，而且穆斯林禁止与非穆斯林通婚。若非穆斯林与穆斯林通婚，必须放弃他们原来的宗教，饭依伊斯兰教。但当非穆斯林成为伊斯兰教徒后，就不能再改变宗教信仰，因此伊斯兰教徒多年来只增不减。伊斯兰教徒不但要受到国家法律法规的约束，还要受到伊斯兰法庭的约束。伊斯兰法庭的责任和义务就是规范伊斯兰教徒的宗教信仰，审理有关的宗教权利和义务，包括婚姻、继承、横告、宗教礼仪等。其他一般的民事法庭不可干预和推翻伊斯兰法庭的审判。马来西亚的穆斯林绝大多数属于逊尼派的沙菲仪教法学派。由于受到历史影响，马来西亚的伊斯兰教至今带有拜物教、佛教和印度教的痕迹。例如，居住在山区的土著少数民族穆斯林至今仍保留着精灵崇拜的原始宗教残余；而沿海一带的穆斯林则是每星期三在海边举行沐浴仪式，然后到清真寺祷告。
清真寺是穆斯林举行宗教仪式的地方。清真寺对外开放时，进入者均须脱鞋，女士还须穿长袍、戴头巾，除脸、手、脚部外均须遮盖，否则将被拒之门外。清真寺遍布马来西亚城乡，有5000多座，寺内每天都有信徒做祈祷。通常，穆斯林每天祈祷5次，分为日出前后、中午和日落前后，而每周五则是马来西亚的主麻日。一般来说，穆斯林祈祷的地点可以是家中、工作场所或清真寺。马来西亚规定只要有20位穆斯林工作的场所，就必须设祈祷室。所以，马来西亚许多较大的公司、工厂，甚至机场等都设有祈祷室，并挂有标牌。各社区及住宅区也都有清真寺。居民只需步行就可到达，非常近便。此外，一般较大的伊斯兰清真寺还设有宗教学校，专门教授穆斯林伊斯兰教义，包括《古兰经》的内容、伊斯兰教礼仪、习俗和阿拉伯文等。这些附属于清真寺的学校，大多招收中、小学生，教导他们基本及初级的伊斯兰教教义，经费由政府提供。同时，政府也开办伊斯兰学院(大学)，培训高级的伊斯兰教人才。由于伊斯兰教在马来西亚占有特殊地位，其他宗教难免受歧视。1988年，马来西亚新闻部宣布除伊斯兰教外，其他宗教节目不得在广播电视中播放。其他宗教的建筑工程项目也受严格限制，如申请执照被拖延、建筑物必须小于附近的清真寺、新建教堂甚至不能挂十字架等。
虽然伊斯兰教是马来西亚的官方宗教，但马来西亚没有伊斯兰教的全国宗教领袖，并不是政教合一的国家。在拥有世袭苏丹的9个州，苏丹本人就是所在州的伊斯兰领袖。在没有苏丹的槟榔屿、马六甲、沙巴和沙捞越，以及吉隆坡等三个联邦直辖区，最高元首为伊斯兰教领袖。马来西亚有两个伊斯兰教政党。一个是“伊斯兰党”，成立于1951年，曾名“泛马伊斯兰党”，在北马各州都有势力，主张以伊斯兰教为原则，政教合一，为马来人的利益而奋斗。另一个是“泛马伊斯兰教阵线”，成立于1977年，主要势力在吉兰丹州，在西马北部其他州也有影响，主张士著民族在国内拥有政治权利，团结所有马来人，实现伊斯兰教的纯洁化。
2.佛教
佛教传入马来半岛相对较，在马来半岛上曾一度盛行，15世纪以后逐渐衰落。19世纪，大批华人的到来使得佛教特别是大乘佛教得以恢复和发展。吉隆坡和华人集中的槟城是马来西亚佛教中心。马来西亚佛教总会设在槟城，该会还办了马来西亚佛学院。由于深受印度教的影响，自公元初至14世纪，佛教一直是马来半岛盛行的宗教。在此期间，马来半岛上相继出现的羯茶、狼牙修、盘盘等王国都信仰佛教。中国唐代僧人义净在《南海寄归内法传》中曾提到这些古国“极尊三宝”，奉佛教为“国法”。到了8世纪，马来半岛处于爪哇夏连德拉王国的统治之下，当地开始信奉密教。15世纪初，马六甲王国改信伊斯兰教后，佛教迅速走向衰落。19世纪后期，大批华人和佛教徒来到马来亚，佛教因而得以恢复。20世纪50年代以后，大乘佛教有了较大发展，吉隆坡和华人集中的槟榔屿成为马来西亚的佛教中心。1960年，马来亚成立了全国性的佛教组织——马来亚佛教总会，总部设在槟榔屿，各州都有分会，下辖100多个佛教团体，开办佛学院等教育机构，并出版佛教刊物《无尽灯》。目前，马来西亚的佛教中心是槟榔屿和吉隆坡。槟榔屿的佛教名寺“极乐寺”内有一尊身高36米的观音雕像，这在东南亚是独一无二的。
现今马来西亚的佛教徒主要是华人，其中大部分信奉大乘佛教。但近年来，有不少华人放弃了原本的宗教，改信伊斯兰教、基督教或印度教。华人改信宗教的原因是多方面的。一是通婚因素。华人对改变宗教信仰的态度是相当开放的，而其他宗教，尤其是伊斯兰教与基督教却严格规定教徒不能与异教徒通婚或与异教徒通婚后所生下的子女必须入教。因此，华人传统宗教信仰者，不论男女，一旦与其他宗教信仰者结婚，就必须改信他教。二是传教因素。华人传统宗教信仰，尤其是儒道传统信仰在传教方面不力，导致其信徒往往对本身的宗教认识不深，缺乏自信，一旦接触其他宗教就轻易改变信仰。反观基督教与伊斯兰教，在亚洲的传教工作不遗余力，成功地从其他宗教社群里“招募”了不少新信徒。三是文化因素当人们接受或放弃一个宗教时，不仅考虑到这个宗教的本质，也在潜意识里考虑到这个宗教的文化属性。在一些人心目中，基督教是先进的，而华人传统宗教信仰是落后的。部分华人具有的这种局限的心态，在一定程度上限制了华人宗教的发展。宗教本是一种文化力量，因此华人传统宗教如何发挥力量以强化其所属文化，是马来西亚华人传统宗教领导人及华人文化工作者面临的重要任务。
3.印度教
印度教是在公元1世纪左右传入马来半岛的，被称为婆罗门教。羯茶国不仅接受婆罗门教和佛教，而且还让婆罗门僧侣在朝廷中发挥重要作用。因此，婆罗门教得以渗入马来半岛的其他地区，吸引了很多信徒。公元8世纪时，婆罗门教进行改革，改称印度教。15世纪，伊斯兰教在马来半岛盛行后，印度教徒大多改信伊斯兰教，印度教由此衰落。19世纪后半期，随着大批印度移民的到来，印度教才得以恢复兴旺。现在信奉印度教的只有印度人，信徒占该种族总人口的70%左右。现在，信奉印度教的只有印度人，印度教徒实行严格的种姓制度，只在同一种姓内部通婚。
4.基督教
基督教于16世纪随着葡萄牙、荷兰、英国的入侵而传人马来西亚的。由于这些国家的殖民者属于不同的教派，他们带来的基督教也有不同的分支，主要是天主教、新教。所建的教会组织也五花八门，有卫理公会、浸礼会、基督复临安息日会、长老会、路德会、圣公会等。1852年在槟榔屿成立了亚洲第一所教会学校——圣约瑟学院。此后，基督教会还在马来西亚其他地方开办了若干所学校和医院。目前，马来西亚的天主教徒近50万人，新教徒约30万人，最大的新教组织是卫理公会，基督教徒以华人和欧亚混血种人为主，其中大部分是菲律宾移民以及一些华人和土著少数民族。
5.原始宗教
马来人的原始宗教崇拜的是多种神仙和原始拜物教。现在马来西亚信仰原始宗教的主要是一些土著少数民族。他们是伊班人、梅拉瑙人、卡扬人、塞芒人和塞诺伊人。这几个土著民族都信奉万物有灵和灵魂不灭，崇拜多神。他们认为宇宙中有上中下三界之分，上界为神仙所居，中界为人类所居，下界为魔鬼所居。人世祸福皆由神灵和魔鬼主宰，神灵赐福，魔鬼布祸。只有巫师能懂神灵和魔鬼的奥秘，充当人与鬼神交往的中介，为族人消灾祈福。所以，巫师在这些民族中具有很高的地位，一般都由各个民族部落的酋长担任。巫师主持的原始宗教占卜贯穿于这些少数民族的日常生活中，人们在生育、治病、砍伐树木、播种、收获等活动中都要举行烦琐复杂的宗教仪式。宗教活动与生产、生活紧密地结合在起，构成了土著民族原始信仰的一大特色。