第一节 考古发现
一、直立爪哇猿人
1890年，在中爪哇梭罗河畔附近先后发现了一具头盖骨、臼齿和左腿骨，通过推断发现，该骨化石其脑容量已经多于类人猿，能直立行走，双手可以进行劳作，而这些都是“人猿相揖别”的重要标志。该人骨化石被称为“爪哇直立猿人”。后来发现了直立猿人制作和使用的石器，较为粗糙，属于旧石器时代，据专家考证，爪哇直立猿人距今约50万年。
二、梭罗人
1931-1934年，同样是在梭罗河畔的坎塘（Ngandong），考古人员发现了11具头盖骨，其脑容量已经接近于现代人，考古学家称之为“梭罗人”或“坎塘（Ngandong）人”，同一地点还发现了许多石器和骨器，鹿角制作的农具，兽骨制作的鱼叉，并且考古学家发现了梭罗人利用火的痕迹。由此可见，梭罗人已经开始从事原始农业，并且知道了使用火。火的使用是人与自然界斗争的结果，是人类长期观察自然和在生产中积累经验的重要结果。火的使用，使人类告别了茹毛饮血的时代，大大加速了人类文明的推进。而在爪哇岛的梭罗河畔发现的这一重大文化遗址，也被称为Kebudayaan Ngandong, 坎塘文化。
二、弗洛勒斯人
2004年，印尼和澳大利亚的科学家在印尼的flores 岛上的一个潮湿的洞穴里发现了一名女性古人类遗骨化石，科学家为该女性取名为“穴居矮人”，该人种身高只有90公分，脑容量还不及现代人类的三分之一，经分析发现该遗骨化石距今约15000年，科学家把他们称作“弗洛勒斯人种”。弗洛勒斯人下颚牙齿较大， 与300万年前生活在非洲的南方古猿相似，他们的门牙较小，眼窝大而圆，但没有突出的眉骨。
三、帕芝坦（Pacitan）
1935年，科学家在东爪哇干枯的巴克少考（baksoko）河床发现并搜集到2000多件石器，其中以石斧居多，该发现被称之为“帕芝坦（Pacitan）文化”。这批石器打磨粗糙，呈褐红色或灰色。后来在相近的流域也发现了属于“帕芝坦（Pacitan）文化”范畴的石器。从里面发现的石斧来看，以无柄石斧居多。相关专家把石斧划分为 熨斗类、乌龟类、刨子类等等。而石斧文化则是印度尼西亚史前史当中一种非常重要的文化遗迹。
第二节 人种
早在公元前2000多年到公元2世纪，由于战争和自然灾害等，大批原始马来人从亚洲大陆南部迁移到印尼群岛。当时印尼本地有尼格里多族（Negerito）,韦达族（Vedda）或小黑人族，他们与外来的 原始马来人同化或逃到偏远的地区。由于迁移时间的先后和在印度尼西亚定居地点的不同，形成不同的风俗习惯。一直到后来形成了不同的部落，乃至不同的民族。
公元前500年，巴厘岛进入东颂（Dong Son）铜器时代, 这一时期的特征是举行仪式时用铜鼓和斧头。公元前200-300年，从亚洲南部又来了一批移民，考古学家把他们称为新马来人。这批新马来人当中有相当一部分来自我们中国的云南及其周边地区。而由两位印尼学者编写的《印度尼西亚人种学导论》中也指出，印度尼西亚人的祖先源自中国云南一带。荷兰学者格伦（J.H.Kern）指出，在马来语及苏门答腊周边亚齐语中，“selatan”是“南方”的意思。由“selat”海峡 和后缀“an”组成，“selatan”的原义是“海峡那边”。印尼民族把“海峡那边”成为“南方”，而根据地理来看，这里的海峡就是马六甲海峡。所以，我们有理由相信，印尼民族的祖先由亚洲大陆南部迁移而来，他们与原始马来人通婚，或把他们中的一部分排挤至内地。这些马来移民构成了当今印尼民族的主要成分。原始马来人从亚洲南迁路线大致有两条:一条由中国云南一带，经中南半岛、马来半岛过马六甲海峡到苏门答腊，然后从苏门答腊自西向东分散至印尼各地；另一条路线经由中国闽南一带，过台湾岛和菲律宾群岛到达婆罗洲、爪哇岛。而历史总是在重演，数千年前的原始马来人应该不会想到几千年后，闽粤一带的中国人踏着同样的路线，来到印度尼西亚，并成为了当今印尼社会生活中的重要一份子，但他们有一个特殊的名字——华人。
这些印尼先祖在这片广阔而肥沃的土地上时代繁衍，逐渐形成了不同的部落和氏族。不同部族尽管风俗习惯上各不相同，但其共同点体现在稻作文化、原始宗教文化、祖先崇拜、共同耕作和互助合作的生活方式上。而这些文化至今仍存留在印尼三百多个部族的文化习俗当中。
第三节 氏族公社时期与农村公社时期
印度尼西亚的新时期时代始于公元前3000年左右。这一时期，人类开始对石器进行精加工，掌握了磨制技术，人类也从狩猎、采集进入到农业和畜牧业，由于群居人数增加，逐渐形成部落，并逐步定居下来，形成了氏族公社。氏族是以血缘亲属关系构成的，必须以不断的繁殖的方法来延续世系，所以，负责生育的女性成为了人类社会当中的关键，以母系血缘关系为纽带的社会组织逐渐形成。随着原始农业及家畜饲养的出现，作为主要劳动者的妇女在生产和经济活动中受到尊敬，取得了支配地位。所以女性的社会地位很高，形成了以母权制为特点的氏族社会。而在印度尼西亚这片土地上，母权制不仅在氏族公社时期，更是在整个古代王国时期都占据着社会的主导位置。甚至于至今在苏门答腊的米南加保族和苏拉威西的托拉查族还保留着母系氏族的残余。
石器在氏族公社初期已被广泛使用，其中石斧极为普遍，此外在爪哇、南苏门答腊、佛洛勒斯、南苏拉威西等地发现了不少石锥、石刀、石镯、石珠等石器和石制首饰。
印度尼西亚的巨石文化主要包含石雕、石棺等。多为动物形状，位于爪哇岛、苏拉威西岛、加里曼丹岛、巴厘岛、松巴哇和弗洛勒斯岛等，石雕多为象、牛、虎、猴等；支柱雕塑多被当做祖先加以崇拜。
在新时期时代，印尼人发明了舟，即在树干上挖一个洞用于做人，放入水中便可使用。还掌握了编织、防治、雕刻、绘画、制造陶器等技术。
在苏门答腊中部和西爪哇发现了古代石棺和石像，石像以人头像最多，很粗糙，如有眼窝而无眼球。石像代表棺中之人，表明印度尼西亚古人已有原始宗教观念。此外他们还崇拜图腾，认为植物和自然景物也有生命，如火山爆发，便认为是山神发怒等。
随着生产力的不断发展，男子从事的游牧业和较发达的农业在氏族公社中越来越起决定作用，男子的社会和经济地位超过女性，母权制逐渐被父权制代替。在氏族公社后期，青铜器逐渐替代了石器。
金属工具的产生及使用极大促进了生产力的发展，出现了社会分工，从而公社成员之间出现了贫富差距，加速了私有制的产生。不同氏族的人到处杂居，逐渐形成了以经济和区域为基础的农村公社。由于私有制的产生，战争在部落之间时有发生。战俘被当做奴隶，并逐渐过渡到奴隶社会。随着奴隶的不断增加，部落首领的权力范围越来越大，用于阶级压迫的政权机构也随之出现，社会发生巨变，古老的氏族制逐渐被国家替代。
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